Logiciel de facturation auto-entrepreneur : comment choisir

Un micro-entrepreneur doit établir une facture pour les ventes et prestations réalisées pour un professionnel, et en remettre une à un particulier qui la demande ou au-dessus d'un montant fixé par la réglementation. Les règles de fond sont les mêmes que pour les autres entreprises : la facture doit comporter des mentions précises. Retrouvez le détail dans notre article sur les mentions obligatoires d'une facture et notre modèle de facture auto-entrepreneur.

Les points qui concernent particulièrement la micro-entreprise :

• Identité de l'entreprise : nom ou dénomination, adresse, numéro SIREN, et, selon l'activité, mention de l'immatriculation ou de l'assurance professionnelle.
• Numérotation : chaque facture porte un numéro unique, dans une séquence chronologique continue, sans trou ni doublon. Voir numérotation des factures.
• Date, désignation, prix : date d'émission, date de la vente ou de la prestation, description, quantité, prix unitaire hors taxe.
• Conditions de règlement : date d'échéance, taux des pénalités de retard et indemnité forfaitaire de recouvrement de 40 euros pour les clients professionnels. Voir pénalités de retard.
• Mention de franchise de TVA : tant que vous bénéficiez de la franchise en base, la facture ne comporte ni taux ni montant de TVA, mais une mention spécifique.

La mention de franchise en base de TVA et son changement de référence

Sur une facture d'un auto-entrepreneur en franchise en base, la mention « TVA non applicable, art. 293 B du code général des impôts » est requise.

Attention : selon la fiche de entreprendre.service-public.gouv.fr consultée à la date de rédaction (octobre 2026), la recodification des règles de TVA conduit à remplacer cette référence à partir du 1er septembre 2026 par « TVA non applicable, art. L. 223 et s. du code des impositions sur les biens et services (CIBS) ». Une tolérance permet d'utiliser l'ancienne référence à l'article 293 B jusqu'au 31 décembre 2027. Vérifiez que votre logiciel permet de modifier cette mention et qu'il se met à jour. Pour le détail, voyez franchise en base de TVA et mention sur la facture.

Les seuils de la franchise en base évoluent. Consultez les montants en vigueur sur impots.gouv.fr plutôt que de vous fier à un article ancien.

Voici les fonctions utiles, de la plus basique à la plus avancée.

1. 1Devis et factures conformes : modèles qui reprennent vos informations légales et la mention de TVA adaptée.
2. 2Numérotation automatique : séquence continue, sans possibilité de supprimer une facture émise.
3. 3Fiches clients : ressaisie évitée, historique des documents par client.
4. 4Transformation du devis en facture : sans recopier les lignes.
5. 5Factures d'acompte et de solde : utile pour les prestations longues. Voir facture d'acompte.
6. 6Avoirs : pour corriger une facture sans la supprimer. Voir devis, facture, avoir.
7. 7Suivi des paiements et relances : savoir qui n'a pas payé et relancer sans y penser.
8. 8Export PDF et envoi par email : pour les échanges avec les clients et votre comptable.
9. 9Sauvegarde et conservation : vos documents doivent rester disponibles pendant la durée légale de conservation. Voir conservation des factures.
10. 10Facturation électronique : réception dès maintenant, émission d'ici le 1er septembre 2027.

Les deux ont leur place. Voici une comparaison sans parti pris.

Quand le gratuit suffit. Si vous émettez quelques factures par mois, avec peu de clients, et que vous gardez rigueur et sauvegardes, un modèle bien fait peut convenir pour démarrer.

Quand passer au payant. Quand vous perdez du temps à recopier, que vous oubliez de relancer, que vous craignez une erreur de numérotation, ou que la facturation électronique approche. Le coût d'un abonnement modeste se compare au temps gagné et aux impayés évités.

Les pièges du gratuit. Plafonds de documents ou de clients, fonctions essentielles réservées à une formule payante, données difficiles à exporter, modèle économique qui évolue. Lisez les conditions avant d'y mettre tout votre historique.

À la date de rédaction (octobre 2026), selon la page « calendrier de la facturation électronique » d'impots.gouv.fr :

• Depuis le 1er septembre 2026 : toutes les entreprises, micro-entreprises comprises, doivent pouvoir recevoir des factures électroniques de leurs fournisseurs.
• Le 1er septembre 2027 : les petites et micro-entreprises doivent émettre leurs factures sous forme électronique pour leurs clients professionnels assujettis. Le e-reporting (transmission de données à l'administration) suit le même calendrier.

La franchise en base de TVA ne dispense pas de ces obligations. Ces dates peuvent évoluer : consultez la page officielle d'impots.gouv.fr avant de prendre une décision. Pour comprendre le fonctionnement, lisez notre article sur la plateforme agréée et sur le e-reporting.

Ce que cela change pour le choix du logiciel : un simple PDF envoyé par email ne remplacera plus une facture électronique transmise par une plateforme agréée dans les cas visés. Votre outil doit donc soit intégrer une plateforme agréée, soit être capable de s'y connecter. La liste officielle des plateformes est publiée sur impots.gouv.fr. Retrouvez nos explications sur la facturation électronique 2026.

Copiez ce tableau et notez chaque solution de 0 à 2.

• Choisir sur le prix seul. Un outil gratuit qui ne gère pas la facturation électronique vous obligera à changer dans un an.
• Oublier la mention de TVA. Ou la laisser avec une référence dépassée sans vérifier la période de tolérance.
• Modifier ou supprimer une facture émise. Corrigez par un avoir ou une facture rectificative. Voir facture rectificative.
• Ne pas vérifier l'export des données. Vous devez pouvoir récupérer vos documents.
• Attendre septembre 2027. Pour changer d'outil sereinement, mieux vaut s'y prendre à l'avance.
• Ne rien prévoir pour le dépassement de seuil. Si vous sortez de la franchise, le logiciel devra gérer la TVA.

Beaucoup de micro-entrepreneurs cherchent une « application facture auto-entrepreneur ». Retenez que ce qui compte, c'est que devis et facture partagent les mêmes clients et les mêmes lignes. Un devis accepté devient une facture, un acompte se déduit du solde, un client impayé se relance depuis sa fiche. Un seul outil évite les ressaisies, et c'est aussi plus simple à expliquer à votre comptable.