Facturation multi-entreprise : gérer plusieurs sociétés

Plusieurs profils se retrouvent dans cette situation :

Dans tous ces cas, la question n'est pas seulement pratique. Elle est aussi juridique et comptable : une facture doit refléter l'entité qui vend.

Avant de comparer des logiciels, écrivez ce que vous attendez. Voici la liste que nous recommandons.

1. 1Séparation des données : chaque société a ses clients, ses devis, ses factures, ses règlements.
2. 2Identité par société : logo, raison sociale, adresse, numéro de SIREN, mentions de TVA.
3. 3Numérotation propre à chaque entité.
4. 4Changement rapide de société sans se déconnecter.
5. 5Droits d'accès : qui voit quelle société (vous, un associé, un assistant, le comptable).
6. 6Vue d'ensemble : pouvoir regarder les chiffres société par société, et idéalement agrégés.
7. 7Coût lisible : savoir ce que coûte une société de plus.

Piège 1 : la numérotation

La numérotation des factures doit être chronologique et continue. L'obligation découle des règles de facturation (article 242 nonies A de l'annexe II au Code général des impôts), à vérifier sur Légifrance. Dans la pratique : une société, une série. Si vous partagez un même compteur entre deux sociétés, chacune se retrouve avec des « trous » dans sa propre séquence. Un contrôle verrait deux sociétés dont les factures sautent des numéros.

Le plus simple : un préfixe par société (par exemple le code de la société et l'année) et un compteur indépendant. Notre article sur la numérotation des factures détaille les bonnes pratiques.

Piège 2 : les mentions légales par société

Une facture doit comporter l'identité du vendeur. Pour une société, cela inclut notamment la dénomination, la forme juridique, le capital, l'adresse du siège, le numéro d'immatriculation (SIREN, mention du RCS avec la ville du greffe) et, selon le cas, le numéro de TVA intracommunautaire. Si vous modifiez le logo mais gardez les mentions de l'autre société, la facture est irrégulière. Consultez la liste officielle sur service-public.fr et notre article sur les mentions obligatoires d'une facture.

Une conséquence concrète : les conditions de paiement, les coordonnées bancaires (IBAN) et les pénalités de retard doivent aussi être celles de la société émettrice. Voir pénalités de retard et indemnité de 40 euros.

Piège 3 : la TVA

Chaque société a sa propre situation de TVA : assujettie ou en franchise en base, régime réel ou simplifié, TVA sur les débits ou sur les encaissements. Une société peut facturer avec TVA, l'autre en franchise avec une mention spécifique. L'outil doit permettre de paramétrer cela par société. Reportez-vous à la franchise en base de TVA et à la TVA sur les encaissements. En cas de doute, demandez à votre expert-comptable.

Piège 4 : la facturation entre vos propres sociétés

Quand une holding facture ses filiales, ou qu'une société refacture des frais à une autre, ce sont des opérations entre entités distinctes. Elles doivent être documentées : facture, contrat, justification de la prestation. Les règles fiscales applicables (prix de transfert, TVA, déductibilité) dépendent des cas. C'est un sujet à valider avec votre comptable ou un juriste, pas à improviser dans un outil.

Piège 5 : le mélange des clients et des paiements

Un client qui a acheté à deux de vos sociétés ne doit pas se retrouver avec une facture au mauvais nom ni payer sur le mauvais compte. Vérifiez que les fiches clients, les relances et les liens de paiement sont rattachés à la bonne société. Pour les relances, voyez relancer un client qui n'a pas payé.

Piège 6 : la facture électronique

La réforme de la facturation électronique s'applique société par société, avec un calendrier précis. Chaque société devra pouvoir émettre, recevoir et transmettre ses données par une plateforme agréée. Le calendrier et la liste des plateformes sont publiés sur impots.gouv.fr. Voyez notre page facturation électronique.

Les deux approches sont valables. Si vous avez deux ou trois sociétés et que vous les gérez vous-même, la bascule rapide est un vrai gain. Si vous confiez chaque société à une personne différente, des comptes séparés peuvent être plus clairs.

Quel que soit l'outil, testez ces points avec deux sociétés fictives :

1. 1Créez une facture dans la première, puis dans la seconde : les numéros sont-ils indépendants ?
2. 2Comparez les PDF : logo, mentions, IBAN et conditions de paiement sont-ils ceux de la bonne société ?
3. 3Vérifiez qu'un client de la première n'apparaît pas dans la seconde.
4. 4Regardez ce que voit une personne à qui vous donnez l'accès à une seule société.

iSence propose des espaces de travail pour gérer plusieurs entreprises depuis un même compte. Voici les conditions, à la date de rédaction (octobre 2026), à confirmer sur la page des tarifs :

Concrètement, si vous exploitez deux ou trois sociétés, la formule Pro inclut déjà deux espaces. La formule Starter convient si vous avez une société principale et une société secondaire. La formule Micro, destinée à la micro-entreprise, ne permet pas d'ajouter d'espace.

Ce qu'il faut savoir pour rester honnête sur le périmètre :

• iSence est un logiciel de devis, de facturation et de CRM. Il ne tient pas la comptabilité de vos sociétés et ne remplace pas un expert-comptable.
• Chaque société reste une entité à part. Le paramétrage de ses mentions légales, de sa TVA et de ses conditions de paiement vous incombe, et nous vous recommandons de le faire valider par votre comptable.
• Avant de migrer plusieurs sociétés, testez avec deux espaces la numérotation, les modèles de documents et les droits d'accès, comme dans la liste ci-dessus. Les détails de fonctionnement sont présentés lors d'une démonstration.

CRM multi-entreprise. Deux sens coexistent. Le premier : gérer plusieurs sociétés (les vôtres) dans un outil. Le second : suivre, pour un client, plusieurs entreprises ou contacts. Dans le premier cas, la séparation des données est la priorité. Dans le second, c'est la qualité des fiches clients et de l'historique. Notre page logiciel CRM entreprise présente ce second volet.

ERP multi-société. Les ERP savent gérer plusieurs sociétés, avec consolidation comptable et refacturations intragroupe. C'est utile à un groupe de taille significative avec une comptabilité intégrée. Pour un dirigeant de deux ou trois petites structures qui cherche surtout à facturer et relancer, c'est souvent trop lourd. Voir notre article ERP TPE ou suite de gestion.

1. 1Vérifier pour chaque société : raison sociale, forme, capital, SIREN, RCS, numéro de TVA.
2. 2Définir la règle de numérotation de chaque société.
3. 3Paramétrer le régime de TVA et les mentions associées par société.
4. 4Renseigner IBAN et conditions de paiement par société.
5. 5Importer les clients dans la bonne société.
6. 6Décider qui a accès à quoi.
7. 7Prévenir votre comptable du changement d'outil et lui montrer un export test.
8. 8Conserver les anciennes factures : la durée légale de conservation est détaillée dans conservation des factures et documents.

Gérer plusieurs sociétés, c'est avant tout garder des documents séparés et corrects pour chacune. Si vous voulez voir comment les espaces de travail s'organisent, consultez la page logiciel de facturation et demandez une démonstration.